ประวัติความเป็นมา
ข้อมูลตั้งแต่ก่อนปีการศึกษา 2546 ไม่สามารถระบุได้ เนื่องจากเอกสารข้อมูลถูกเพลิงไหม้ทั้งหมด ในปีการศึกษา 2546 วันที่ 4 เดือน มกราคม 2547 เวลาประมาณ 02.00 น. โรงเรียนบ้านบอเกาะได้ถูกลอบวางเพลิงจนได้รับความเสียหายทั้งอาคารเรียนและวัสดุครุภัณฑ์เป็นจำนวนมาก ได้แก่ อาคารจำนวน 1หลัง ประกอบด้วย ห้องเรียน 4 ห้องเรียน ห้องพักครู 1 ห้อง และมีห้องพักครูที่ชำรุด ๑ ห้อง ทำให้โรงเรียนเหลืออาคารเรียนเพียง 1 หลัง รวมถึงวัสดุครุภัณฑ์รวมมูลค่าความเสียหายประมาณ 304,700 บาท
วันที่ 10 เดือน มกราคม พ.ศ. 2547 นายยะโก๊ะ ยิตอซอ ผู้ใหญ่บ้านหมู่ที่ 2 บ้านบอเกาะ ได้ชักชวนราษฎรและผู้นำชุมชนช่วยกันทำการก่อสร้างอาคารเรียนแบบชั่วคราวขนาด 6 x 25 เมตร เพื่อใช้จัดเป็นห้องเรียนชั่วคราว ซึ่งสามารถใช้จัดเป็นห้องเรียนได้จำนวน 5 ห้องเรียน โดยก่อสร้างเสร็จสมบูรณ์เมื่อ วันที่ 19 เดือน มกราคม พ.ศ. 2547